Geschiedenis
De aanbesteding van de kerk vindt plaats op vrijdag 19 mei 1950 te Utrecht onder leiding van de heer J. Starmans van het aartsbisdom en architect van de kerk prof. Ir. J.H.Froger te Delft. Het wordt gegund aan de heer A. ten Den te Deventer voor de som van f. 145.400,-.

Zaterdag 24 juni 1950 op het feest van St. Jan de Doper, patroonheilige van de parochie wordt het kerkterrein ingezegend en de eerste spade in de grond gestoken door de pastoor in het bijzijn van vele parochianen.

Er worden 80 heipalen voor de fundering geslagen door R. Hylkema parochiaan te Ens. Op zaterdag 9 september 1950 zijn de muren tot op manshoogte opgetrokken, zodat op deze dag de eerste steen kan worden gelegd door monseigneur Th. Huurdeman, vicaris generaal van het aartsbisdom Utrecht.

Monseigneur Huurdeman verricht de eerste steenlegging en wordt de oorkonde geplaatst in loden koker met tekst.

Eind november 1950 is men zover dat het dak geplaatst kan worden. Metselaars en timmerlieden helpen om het dak dicht getimmerd te krijgen, het weer zit niet mee het regent voortdurend. De kerkelijke inwijding vindt plaats op zondag 29 april 1951.De plechtigheid wordt verricht door monseigneur Huurdeman.

Ongeval
Op 8 december 1950 was het werk klaar en de bouwvakkers gingen, al laat geworden op weg naar huis. Deze dag werd echter een rampdag. Vrijdagavond gaan de bouwvakkers op weg naar hun gezinnen in Drenthe en kiezen een veilige weg, niet over Hoogeveen langs de kanalen, maar over Beilen. En juist daar bij mistig weer en gladde weg rijden zij door de leuning van de brug over het Linthorst- Homankanaal en storten in het water. Alle zes mensen verdrinken.

Gebouw
De kerk heeft een romaanse bouwstijl, deze stijl wordt gekarakteriseerd door kleine ronde boogvensters. De muren zijn doorgaans dik. De romaanse bouwstijl is indirect gebaseerd op de bouwstijl van de Romeinen. Feitelijk komt zij voort uit de Karolingische stijl, waarin principes uit de Romeinse architectuur werden herontdekt. Bij de rooms katholieke kerkenbouw in de Noordoostpolder zoekt men naar aansluiting bij de vroeg christelijke basiliek, die een langwerpig schip met twee, door bogen rijen daarvan gescheiden, zijbeuken heeft.Het altaar wordt geplaatst in een halfronde absis. De kerk wordt gedekt door een op houten balken steunend houten plafond of door gemetselde gewelven. De kerk van Kraggenburg is hier een voorbeeld van zij het dat de rechter zijbeuk nooit tot stand is gekomen. Zij is ontworpen door Jules H. Froger en gesitueerd in het midden van het dorp. Zij is een voorbeeld van de heel oude Friese of schokker dorpskerk op een terp. Van deze stijl zijn de fundamenten nog te zien op het voormalig eiland Schokland en wel op de zuidpunt.

Aantal zitplaatsen 292

Sluiting
In de katholieke Sint Jan de Doperkerk in Kraggenburg wordt zondag 22 juni 2014, het patroonfeest van Johannes de Doper, de laatste viering gehouden.

Toren
In 1959 zijn plannen gemaakt om een toren te bouwen maar de begroting van f. 150.000,- à f. 200.000,- vond men te belastend voor de parochianen. Ook een eventuele uitbreiding stuit op te hoge kosten. Bovendien zou het maar weinig zitplaatsen meer opleveren.

Klok
Zondag 4 februari 1951 wordt na het lof de nieuwe klok ingewijd door deken J.Scholtens van Wolvega.De klok heeft de toonhoogte B. Hij weegt 376 kg inclusief de 14 kg van de klepel en heeft een doorsnede van 82,5 cm.

De klok is voorzien van het volgende opschrift:

‘Vox Clamantis’ (Stem die roept)

‘Si Joannes:’ (volgens Johannes)

‘ Dirigite viam Domini. Joan I 23’

(Maakt de weg recht voor de Heer! Joh. 1:23)

Kerkorgel
Een nieuw kerkorgel is geplaatst in 1958. Orgelbouwer is dhr. P Valckx ( firma Valckx van Kouteren Rotterdam), kosten f. 17.500,-

(bron: website www.ireneusparochie.nl/kraggenburg)